Khu du lịch sinh thái Nhất Tự Sơn được tỉnh Phú Yên cấp phép cho Công ty CP Nhất Tự Sơn thực hiện đầu tư khai thác du lịch từ năm 2000. Đến năm 2017, khu du lịch sinh thái đảo Nhất Tự Sơn chính thức đi vào hoạt động. Từ đó Công ty cổ phần Nhất Tự Sơn trở thành địa điểm cung cấp dịch vụ du lịch sinh thái và dịch vụ lưu trú ngắn ngày thu hút đông đảo du khách đến trải nghiệm và khám phá hòn đảo xinh đẹp thuộc khu du lịch quốc gia Vịnh Xuân Đài.

Nhất Tự Sơn cách trung tâm Sông Cầu chỉ khoảng 5km về hướng Nam, cách thành phố Tuy Hòa khoảng 48km về hướng Bắc và được mệnh danh là “Trái tim vịnh Xuân Đài”. Khu du lịch sinh thái Nhất Tự Sơn có diện tích rộng 06 hecta, thiên nhiên nơi đây vẫn còn mang nét hoang sơ, gần gũi, thảm thực vật phong phú với những ghềnh đá đa màu. Đặc biệt con  đường cát ẩn sâu dưới dòng nước nối từ đất liền qua đảo, đường đi sẽ hiện rõ khi thủy triều rút đi tạo nên một tuyệt tác thiên kỳ thú.

Được tỉnh Phú Yên định hướng là điểm du lịch trọng yếu, Nhất Tự Sơn đã và đang được Công ty cổ phần Nhất Tự Sơn đầu tư xây dựng, khai thác và bảo tồn với khu nhà nghỉ Cát Vàng, khu đỗ xe, cổng chào, xuồng hơi, hệ thống điện, nước, viễn thông ngầm qua biển, phục dựng các công trình tâm linh...